Formalmente, el Tribunal goza de un alto grado de independencia. La Constitución Política le asigna el rango e independencia de los Supremos Poderes del Estado.

Existen una serie de disposiciones constitucionales que establecen garantías a la independencia de TSE. Ellas son:

Desde su creación en 1949, el TSE ha gozado de un alto grado de legitimidad. Esto se evidencia, principalmente, en el hecho de que los resultados de las elecciones han sido siempre respetados por los perdedores sin alegar la posibilidad de fraude electoral. Pero a pesar de esto, las elecciones presidenciales del 2006 poseen una característica atípica debido al estrecho margen de diferencia entre los dos principales candidatos presidenciales y a la gran cantidad de acciones de nulidad que durante el escrutinio se presentaron ante el Tribunal.

Como un mecanismo para garantizar la transparencia del proceso electoral y evitar el fraude, se prevé que cualquier persona pueda presentar ante el TSE demandas de nulidad ante posibles actuaciones en las juntas receptoras de votos que no reúnan las condiciones requeridas por el Código Electoral.

A partir de varias resoluciones constitucionales, el TSE ha experimentado un fortalecimiento como encargado de “interpretar en forma exclusiva y obligatoria las disposiciones constitucionales y legales referentes a la materia electoral”, de velar por el cumplimiento de los derechos fundamentales en materia electoral y de esclarecer los conflictos que surjan en esta materia. Cabe mencionar que, mediante la resolución 303-E-2000, el Tribunal ha reconocido dichas responsabilidades y ha instituido la figura del “Amparo Electoral” como un mecanismo para velar por el cumplimiento de derechos fundamentales en materia electoral.

En los últimos años ha emitido importantes resoluciones en materia electoral en lo concerniente a la democratización interna de los partidos políticos (obligación de renovar cada cuatro años las estructuras internas de los partidos políticos y la designación de candidatos a puestos de elección popular debe realizarse en apego a principios democráticos).

A pesar de que existe una legislación específica que regula la materia electoral, se ha cuestionado su actualidad y se ha discutido la necesidad de reformar el Código Electoral de manera integral. Las recomendaciones de diversos actores, principalmente del TSE, apuntan a que a ley Nº 1536, ha perdido actualidad ante la nueva dinámica político-electoral del país. En este sentido se han discutido varias iniciativas y se han nombrado varias comisiones especiales en la Asamblea Legislativa.

Por ley el TSE puede exigir a los partidos que presenten periódicamente las listas de sus contribuyentes; sin embargo, no tiene la capacidad legal ni institucional para realizar auditorías con el fin de comprobar el origen de las donaciones reportadas, y la ley no establece específicamente quienes deben asumir la responsabilidad en caso de existir irregularidades, a pesar de que establece sanciones penales.

En los últimos años el tema del financiamiento de los partidos políticos se ha convertido en uno de los temas de discusión más sensibles. Esto relacionado con los cuestionamientos al origen del financiamiento privado del Partido Unidad Social Cristiana y Liberación Nacional.

Se ha discutido sobre la necesidad de que todos los partidos, independientemente de si tienen derecho o no a la contribución estatal, presenten de manera transparente la información relativa a todos sus gastos. El ente contralor ha insistido en la necesidad de introducir reformas a la legislación vigente que permitan exigir a los partidos políticos mayor transparencia no solo en sus ingresos sino también en las liquidaciones de los gastos que presentan ante el TSE.

En caso de que la CGR determine un gasto insubsanable por deficiencias o anomalías a la hora de presentar los gastos, se contempla como única consecuencia el rechazo de éste para efectos de su reconocimiento con recursos de la contribución estatal. La CGR insiste en la necesidad de contar con regulaciones que permitan evitar situaciones en las que se reconozcan gastos improcedentes.