Según la Constitución Política, la Contraloría General de la República cuenta con absoluta independencia y administración en el desempeño de sus labores (artículo 183).

La Ley Orgánica de la Contraloría General de la República Nº 7428 (1994) establece que ésta goza de absoluta independencia funcional y administrativa, respecto de cualquier Poder, ente u órgano público y que sus decisiones solamente se encuentran sometidas a la Constitución Política, a tratados o convenios internacionales y la ley (artículo 2).

El nombramiento del Contralor y el Subcontralor General de la República le corresponde a la Asamblea Legislativa. Ambos son nombrados por un término de 8 años y gozan de las inmunidades y prerrogativas de los miembros de los Supremos Poderes. Pueden ser removidos por ella, mediante votación no menor de las dos terceras partes del total de sus miembros, en caso de que se compruebe negligencia o de que su cargo no se haya desempeñado de conformidad a la Constitución o a la ley. Además, como órgano auxiliar de la Asamblea, atiende las consultas sobre ciertos proyectos de ley y atiende las denuncias sobre presuntas irregularidades.

La Constitución establece que la CGR debe de enviar a la Asamblea Legislativa, cada primero de mayo, una memoria del movimiento correspondiente al año económico anterior. Dicha documento presenta un detalle de las labores del Contralor y expone de las opiniones y sugestiones que éste considere necesarias para el mejor manejo de los fondos públicos. Dicha memoria se encuentra disponible al público de manera impresa y en la página Web de la CGR: www.cgr.go.cr.

La Contraloría General de de República es, según la Constitución Política, una institución auxiliar de la Asamblea Legislativa en la vigilancia de la Hacienda Pública. Para llevar a cabo la labor de fiscalización, la Constitución le asigna los siguientes deberes y competencias:

Mediante una reforma al artículo 11 de la Constitución Política del año 2002 (ley Nº 8003) se dio carácter constitucional a la rendición de cuentas a la que está sujeta la Administración Pública. Atendiendo las nuevas demandas que plantea la reforma constitucional y en su papel de rector del sistema de fiscalización (que le confiere la ley Nº 7428), en los últimos años la CGR ha participado activamente en la definición de un Sistema de Rendición de Cuentas. Ha propuesto la aprobación de instrumentos legales tales como, la ley General de Control Interno Nº 8292 (2002) y la ley Contra la Corrupción y el Enriquecimiento Ilícito en la Función Pública Nº 8422 (2004).

En materia de contratación administrativa, la Ley de Contratación Administrativa Nº 7494 (1995) le asigna a la CGR una serie de responsabilidades. Entre ellas se puede señalar: i) la autorización para desaplicar los procedimientos ordinarios de selección del contratista de la administración (para ciertos casos y actividades); ii) resolver sobre la objeción y apelación contra los carteles y actos de adjudicación; iii) refrendar todos los contratos de la Administración Pública.

Este es uno de los temas que merece una especial atención ya que en los últimos años han salido a la luz pública importantes casos de corrupción relativos a contratos públicos, que reflejan importantes vacíos y altos niveles de discrecionalidad en ciertas etapas del proceso (que han dejado espacios abiertos para la posible injerencia de intereses privados). Ante esta situación, la CGR ha definido la contratación administrativa como uno de los principales temas de su agenda de fiscalización en los próximos años.

Entre ellos destacan la fiscalización de contratos que han suscitado polémica dentro de la opinión pública ante supuestas anomalías. Figuran los contratos de reaseguros del Instituto Nacional de Seguros (INS), contrataciones de los sistemas informáticos del TSE y la actividad contractual de la Caja Costarricense del Seguro Social (CCSS) en el año 2002.

A pesar de que en los últimos años a la CGR se la han otorgado una importante cantidad de nuevas responsabilidades, esto no ha ido acompañado de una adecuada asignación de recursos y de un fortalecimiento presupuestario.

La Contraloría ha insistido en los últimos años en la necesidad de desconcentrar responsabilidades en materia de control. Ha apoyado el fortalecimiento del control interno en la administración y ha señalado su interés en concentrarse principalmente en labores de control posterior.