La independencia del Poder Judicial está garantizada constitucionalmente. La Constitución estipula que la Corte Suprema de Justicia es el tribunal superior del Poder Judicial. Ésta está compuesta por 4 salas, integradas por 22 magistrados.

Los magistrados son electos por la Asamblea Legislativa, en varias ocasiones se ha criticado que algunos de los nombramientos son resultado de acuerdos políticos, recibiendo presiones algunos diputados para elegir ciertos candidatos.

Como una forma de garantizar la independencia de los otros poderes, la Constitución establece que los magistrados no pueden ser suspendidos por parte de la Asamblea Legislativa. Su destitución está regida por los motivos que expresa la ley en el capítulo correspondiente al régimen disciplinario. El acuerdo debe de tomarse por la Corte Suprema de Justicia, mediante votación secreta y no menor a las dos terceras partes del total de sus miembros (artículo 165, Constitución Política).

Para la discusión y aprobación de proyectos de ley que se refieran a la organización o funcionamiento del Poder Judicial, la Asamblea Legislativa debe consultar a la Corte Suprema de Justicia.

Como una forma de garantizar su independencia económica, la Constitución establece que para cada año económico se le debe asignar una suma no menor al 6% del Presupuesto Nacional (artículo 177). Se ha discutido sobre la insuficiencia de dicho monto para hacer frente a todas las necesidades y que la estrechez presupuestaria obedece a que, además de las funciones jurisdiccionales, se han creado otras funciones en el ámbito auxiliar de la justicia sin la adecuada asignación de los recursos. En este ámbito, sobresale la creación de órganos como el Ministerio Público y el Organismo de Investigación Judicial.

El Poder Judicial se ha visto fortalecido por la creación, en 1989, de la de la Sala Constitucional. Según la ley de Jurisdicción Constitucional Nº 7135 (1989) ésta es la encargada de:

1. garantizar mediante los recursos de hábeas corpus y de amparo, los derechos y libertades consagrados por la Constitución Política y los derechos humanos reconocidos por el Derecho Internacional vigente en Costa Rica;
2. ejercer el control de la constitucionalidad de las normas de cualquier naturaleza y de los actos sujetos al derecho público mediante la acción de inconstitucionalidad y;
3. resolver los conflictos de competencia entre los poderes del Estado, incluido el Tribunal Supremo de Elecciones, y los de competencia constitucional.

Desde la década de los 90 inició un proceso de modernización del Poder Judicial. Se han creado nuevos instrumentos legales que pretenden su reorganización. Tal es el caso de la ley Orgánica del Poder Judicial Nº 7333 (1993) y la ley de Reorganización Judicial (que introduce una serie de importantes reformas a la ley Orgánica de 1993). Además se ha implementado una política de acceso a la información.

En 1993, mediante la ley de Carrera Judicial (Nº7338), se pretendió dar mayor estabilidad laboral a los funcionarios que administran la justicia. En los últimos años se ha logrando la erradicación del interinazgo. La ley establece que el reclutamiento de personal y el desarrollo profesional se deben basar en los méritos de los candidatos. Por otro lado, regula, por medio de concurso de antecedentes y de oposición, el ingreso, los traslados y los ascensos de los funcionarios que administren justicia, con excepción de los Magistrados.

El Tribunal de Inspección Judicial es un órgano dependiente del Consejo Superior que ejerce control regular y constante sobre los servidores del Poder Judicial (a excepción de los magistrados, el Fiscal General, el Fiscal General Adjunto, el Director y Subdirector del OIJ). Éste vigila el buen cumplimiento de los deberes, tramita las quejas que se presenten contra los servidores del Poder Judicial, instruye las informaciones al tener conocimiento de alguna irregularidad y resuelve lo que proceda respecto del régimen disciplinario.

A lo interno del Ministerio Público se creó la Fiscalía Adjunta de Delitos Económicos, Tributarios y Corrupción como una instancia especializada para tramitar delitos en la función pública. La Ley de Creación de la Jurisdicción Penal de Hacienda y de la Función Pública (8275) establece una jurisdicción especializada en esta materia y crea el Juzgado Penal de Hacienda y de la Función Pública y el Tribunal Penal de Hacienda y de la Función Pública.

Ante los escándalos de corrupción que en los últimos años han sacudido al país, se evidencia que el sistema de administración de justicia no estaba preparado para enfrentar los retos que plantearon los casos de corrupción que se han presentado. Procesos judiciales muy engorrosos y la escasez de recursos han propiciado una sensación de impunidad que afecta la credibilidad de las personas en el régimen institucional. Además Costa Rica no ha tipificado todos los delitos de corrupción y no ha ajustado plenamente su legislación interna para cumplir con la Convención Interamericana Contra la Corrupción. No se han tipificado algunos delitos de corrupción en el sector privado, tales como malversación, peculado y soborno.

En el marco de las acciones emprendidas en materia de ética en el Poder Judicial, cabe mencionar que en 1999 la Corte Plena aprobó un Código de Ética Judicial aplicable a todos sus funcionarios.

Mediante ley Nº 7333 se establece una serie de prohibiciones e incompatibilidades para evitar irregularidades en la labor de los funcionarios judiciales. Establece la prohibición a todos lo empleados y funcionarios del Poder Judicial de “recibir cualquier tipo de remuneración de los interesados en un proceso, por actividades relacionadas con el ejercicio del cargo” (artículo 9, inciso 9). Por otro lado, prohíbe a todos los funcionarios y empleados del Poder Judicial, salvo en casos de excepción que la ley indique, de ejercer la profesión por la que fueron nombrados y de desempeñar cualquier otro empleo público.